Magloire Borgia s'appelait, lors de son mariage en 1846 avec Ester Mimeau, Dominique Magloire. Ce n'est qu'en 1851, après la mort de son père adoptif, Jean-Baptiste Borgia (né Jean-Baptiste Levasseur dit Borgia) qu'il prit le nom de Borgia. C'est le grand-père de Jean-Baptiste, François-Louis Levasseur dit l'Espérance qui le premier avait pris le surnom de Borgia en 1735 en raison de la canonisation de saint François de Borgia.

Saint François de Borgia (15101572), IVe duc de Gandie et troisième général des Jésuites, était le petit-fils de Jean Borgia (1476-1497), IIe duc de Gandie,  frère des célèbres César Borgia (1475-1510), duc de Valentinois et Lucrèce Borgia (1480-1519). François de Borgia était donc l'arrière-petit-fils de Rodrigue Borgia (1431-1503), le fameux pape Alexandre VI.

Cependant le vrai nom de Rodrigue Borgia était Rodrigue Lenzuoli (ou Lanzol). S'il s'appelait Borgia, c'est qu'il avait pris le nom  de son oncle, Alphone Borgia, le pape Calixte III.

Alphonse Borgia s'appelait en fait Alphonse Borja. D'origine espagnol (né à Jativa, près de Valence, en 1378) il avait italianisé son nom en "Borgia" lorsqu'il devint cardinal. C'est donc Alphonse Borgia qui est à l'origine de ce patronyme.